La falla se presentó cuando se le desconectó la batería encendida y desde entonces ya no quiso volver a aprender ya checamos los fusibles ya checamos los reales, da marcha pero no encuentro solución y el problema no sé qué podría hacer si me pudieran ayudar se los agradecería

Al desconectar la bateria el alternador puede entregar picos de voltaje muy elevados, picos de muy corta duración pero de hasta casi 30v. Eso puede dañar mucha de la electrónica de 12v.  No dijiste exactamente el modelo del motor, pero por el año de fabricación es muy probable que tenga algún tipo de electrónica incorporada o que lo asista y  es muy probable que esa electrónica haya sufrido algún daño al funcionar sin batería. 
Saludos

Este es un caso muy común, para supuestamente probar si el alternador manda, retirzn un borne de batería y además aceleran, en caso de llevar una conexión especial no pasa nada, pero en caso de no llevar está conexión el regulador de voltaje siente que no hay voltaje de referencia y pone al alternador a mandar al máximo, si el alternador está mal, con cualquier defecto no pasa nada, pero si el alternador está bueno, el voltaje sube y pasa por sobre todo lo electrónico como una aplanadora, es probable que en su caso se haya dañado el módulo de encendido y otras cosas mas