Encienden alternativamente? O sea que prende la roja y se apaga la azul y viceversa?
O se prenden y apagan ambas al mismo tiempo?
Si se prenden alternativamente y la batería está caliente tenés que bajarle la corriente de carga porque está actuando la protección interna de la batería, eso se cambia variando el valor de la resistencia con la tabla que te pasé en la otra pregunta.
También puede ser que el circuito de protección interno de la batería este actuando por sobre corriente (acordate que el módulo está configurado para 1ampere) eso se descarta cambiando la resistencia para que la corriente sea menor.
Si los leds se apagan al mismo tiempo es porque hay un problema en la alimentacion que no puede suplir toda la corriente que exige el circuito o cambias la alimentación o varias la resistencia.
Y por último algunas baterías que están viejas pueden no tomar bien la carga y generar este tipos de oscilaciones.
Lo que te recomiendo hacer en cualquier caso es bajarle la corriente de carga a unos 500 a 600mAh y ver cómo se comporta el circuito.
Saludos.
