No entiendo lo del pulso negativo ¿sólo sube, sólo baja? tampoco no entiendo por qué escribes de corrido sin utilizar puntos y comas... igual!
El motor no tiene polaridad supongo, es decir, que el giro lo efectúa según como se conecta la polaridad, por ello debe llevar solo dos cables, entonces ¿cómo se invierte la polaridad?, pues con el botón!
Si mal entiendo, el motor alza vidrios solo va conectado a la alimentación administrada por el encendido del vehículo (si está apado no funciona), utilizando positivo y negativo para mover el motor, que al intercambiar la polaridad, este sube o baja el vidrio. En teoría, el botón debería llevar seis contactos que, los del centro son la entrada (-), (+) y los otros la salida, con la diferencia que van invertidos para hacer el cambio de polaridad:

Checa el botón, posiblemente algo no está conectado correctamente.
Algo mas: no das antecedentes del problema, no se si lo estás instalando tú o estás reparando el original del vehículo.
En YouTube hay videos ilustrativos de cómo funciona un
alza vidrios.
Suerte!