Tema complicado darle justo al problema... son varias las posibilidades, te aconsejo tratar de entender lo que hace o deberia hacer la alarma para tratar de encontrar el problema pues hay muchas posibilidades que tienen poca diferencia.
No se justo esa alarma si es con 2 controles o con uno solo, yo conozco un modelo anterior con 2 controles pero suelen trabajar igual dentro de la marca. En el caso de detectar falta de presencia la alarma avisa con un pitido por unos 15 segundos antes de cortar la corriente, esto es como para avisarte que está a punto de activarse y te dé tiempo de apretar el botón y que no apague el vehículo. No se si esto es así con tu alarma, tendrias que probar de tener el control sin bateria y darle marcha por mas de 2 minutos, si tiene este pre-aviso ayudaria mucho a entender que es lo que falla.
Si el tiempo de disparo es fijo (dos minutos digamos) o se activa el pitido es la alarma que no detecta el control remoto, El control de presencia manda una señal una vez cada 30 segundos como para que la alarma lo detecte y sepa que está cerca (eso es la presencia), si el control tiene poca batería o un falso contacto entonces puede que a veces no emita correctamente y la alarma no lo detecte.
Luego encender el vehiculo y cerrar la puerta del conductor y antes de los dos minutos puedes tocar el botón de presencia escondido para avisarle que el control no funciona y que estas arriba (se supone que el botón es escondido y solo vos lo conoces), esto funciona en conjunto con el contacto y con la puerta del conductor, por si te obligan a bajar del vehículo. En algunos casos no está bien cableado y se reinicia cada vez que abren cualquier puerta y no la del conductor. Si hay un falso contacto en los pulsadores de la puerta (o incluso del capot o baul si no cablearon bien y mandaron todo junto) puede que la alarma piense que te "bajaron" del vehículo y suene 2 minutos luego del falso contacto (si tiene pre-aviso se activa por 15 segundos)
Al mantener apretado 3 segundos el botón del control de presencia se dispara el corte de corriente inmediatamente (sin pre-aviso) y luego la alarma (en el modelo que conozco). Si apretas el control convencional 3 segundos se activa la sirena de la alarma y también corta la corriente. Lo que suele suceder es que el control de presencia es mucho mas sufrido que el convencional, pues se lo suele llevar escondido colgado del cuello o apretado en un bolsillo, entonces el sudor daña los contactos del control y puede hacer que se dispare accidentalmente, incluso puede estar lo mas normal y dispararse recién al tomar temperatura corporal, por lo que tarda un rato en fallar. En ese caso hay que hacer una limpieza completa del control y cambiar el boton, si no alcanza comprar uno nuevo. En este caso y con lo que dije del boton escondido puedes dejar a proposito el control de presecia sin bateria y manejarte un par de dias con el botón escondido, si no te falla mas es el control remoto de presencia.
Tambien puede haber un falso contacto en el cableado que se haga presente con el movimiento del vehículo y que la "reinicie". Incluso hasta ruido electromagnético producido por un cable de bujía defectuoso en el caso de nafteros puede provocar que la alarma se "vuelva loca", esto también se suele detectar con la radio AM pues se escucha la interferencia de la chispa.
Verifica detalladamente bajo qué circunstancias se produce el problema y comenta.
Saludos