El sistema debe quedar sin presión al momento de desoldar los caños, sino es seguro que al llegar al punto de fusión salga disparada soldadura al rojo vivo salpicando por doquier, por supuesto quemandote.
Si el gas es inflamable, además debe ser retirado del sistema por bomba de vacío y luego reemplazado ese vacío por un gas inerte como nitrógeno, sino corres riesgo de incendio o explosión.
Por la pregunta deduzco que no te dedicas a este rubro y es la primera vez que haces este tipo de trabajo. Cambiar el compresor es solo una parte del trabajo, luego hay que hacer la carga del sistema de manera correcta, haciendo vacío y cargando el refrigerante correcto en su cantidad justa, para esto se necesitan herramientas especiales como la bomba de vacío. El compresor es caro como para andar experimentando y si el trabajo se hace mal y queda humedad o gases no condensables puedes quemarlo.
Si es una reparación de un equipo tuyo te recomiendo que contrates a alguien que tenga las herramientas y haga el trabajo.
Si te querés dedicar al rubro haz un curso e invierte en las herramientas adecuadas.
Saludos.