Lo ideal es que el aire circule en el mismo sentido que en el original.
El motor que colocaste también es un DC pero que gira en sentido opuesto al original ?
Lo ideal es que subas una foto de la placa de ambos motores
El motor nuevo tiene menor potencia (33 contra 40W) y un mayor número de rpm (1000 contra 900)
Si vas a emplear las mismas aspas del motor viejo en el nuevo, el motor nuevo va a recalentar por que las dos diferencias le juegan en contra ( a 1000 rpm va impulsar mayor cantidad de aire asi que si con 900 rpm se necesitaba un motor de 40 W ahora va rondar los 50W
Como te decía más abajo al usar las mismas aspas se va a invertir el sentido de circulación del aire .
Si a pesar de las justificaciones en cuanto a la potencia igual quieres hacer una prueba, para invertir el sentido de giro proba permutar, entre si, las conexiones de dos de los cables (por ejemplo azul (V) con el rojo (W)). A veces hay que probar con las 3 combinaciones
Hola buenos días, en estos días fui a ver un aire acondicionado con el ventilador exterior quemado. En un aire inverter con un motor DC, se me ha complicado bastante conseguir un motor ya que el importador del equipo no tiene repuestos. Lo que he conseguido es uno que tiene el giro contrario al original, me han dicho que no pasa nada que funciona igual pero no lo sé tengo mis dudas. 
