Hola . No hay problema , lo puedes hacer de ese modo.  pero si estubo expuesto tienes  que desconectarlo,quitar el aceite que tenía el compresor , echarle aceite al menos 2 veces a manera de enjuague , dándole calor sin exceso para poder extraer la humedad. Ahí puedes hacer el vacío y echarle el aceite que vas a dejar con la medida que lleva, menos ó más no es bueno ó también armar el sistema y hacerlo como mencionaste También el sistema debe ser limpiado con 141b , barridos de nitrógeno y luego el vacío Tienes que hacer una limpieza minunciosa pues 2 años entrando todo tipo de impurezas y humedad te será muy difícil eliminarla,