Hola luismarq
Sinceramente no tengo la respuesta a tu pregunta pero por ahí algo de lo que te diga te sirva.
Las diferencias que se van a presentar es mas que nada en el rendimiento del transformador. Un núcleo perfecto tendría permeabilidad magnética (
http://es.wikipedia.org/wiki/Permeabilidad_magn%C3%A9tica ) infinita y las perdidas en el hierro iguales la 0, obviamente esto no sucede en la realidad.
Dependiendo de las perdidas magnéticas del material, este se calentara mas o menos. Dicho calentamiento se produce por las corrientes parasitas que se crean en el material las cuales se traducen en perdidas, para reducir estas perdidas lo que se suele hacer es utilizar materiales ferromagnéticos más resistivos como agregándole silicio (se le pone poco silicio porque a mayores valores el hierro se endurece, se vuelve quebradizo y resulta muy difícil el mecanizar) o el método mas empleado que consisten en que en vez de que sea de hierro macizo sea de chapas laminadas aunque de esta forma el volumen efectivo que aporta a la conducción del campo magnético es menor al volumen real ya que aunque el entrehierro entre chapa y chapa es muy chico, dicho entrehierro no aporta nada sumado a que parte de las perdidas también dependen del volumen del núcleo.
Como veras es un tema bastante complejo y dependiendo de las exigencias y la necesidad del transformador que se desee diseñar tendrás que analizar estas y mas variables que no te mencione por mi desconocimiento sobre el tema.
Espero que algo de todo lo mencionado te haya servido de ayuda.
Abrazo!