las placas de motores ppa pueden funcionar de las dos formas, con imán o sin imán (enconder),  yo te recomiendo que uses ambos sistemas, ya que en caso que el iman se saliera o bien que fallara el reedswitch que lo detecta, el motor se detendrá por la carrera previamente memorizada  con el encoder. 
el encoder es básicamente un contador de vueltas y va dentro del motor , cuenta la cantidad de vueltas que da la corona interna, entonces cuando se memoriza la carrera lo que hace es memorizar la cantidad de vueltas que dió el encoder
la selección la haces directamente en la placa electrónica de acuerdo al manual.