En este caso si convendría quitarla ya que no es pareja como para luego colocar pisos. Si no quieres agregarle mucho pero a la estructura pueden hacer el hormigón celular que te comentaba, calar el recorrido del caño y luego tapar como para colocar los pisos. Caso contrario se puede fijar la cañería directamente a la capa de compresión del techo (la que se llovía) y luego (con cuidado) el hormigón. Tienen que dejar probando (presurizada) la cañería por lo menos de 5 a 7 días.