Si la batería no se escuentra en corto puede usarse en paralelo a la otra sin problema. Ahora si está en corto alguna celda no debería ser usada para nada.
Dicho esto es muy probable que el regulador sea del tipo PWM por lo que el corte se haga por mosfets y como los mosfets que cortan el negativo son más baratos es casi seguro que los positivos estén directos y el corte se haga por negativo por lo que la selectora debería ir al negativo o mejor aún colocar 2 selectoras para aislar las baterías completamente.