Para mim, uma das grandes diferenças é a velocidade "verdadeira" do trabalho. No atmegas (arduino), se a velocidade é 16MHz, nessa velocidade funciona, no Pic você precisa dividir por 4. A outra questão interessante é que o arduino atualmente possui muita documentação e você pode obter protos rapidamente. Com foto não é assim. No meu caso, eu trabalho uma vez mil com pic no debian com porcaria ansi-c (sdcc), tenho que implementar quase tudo (millis, telas de lcd, etc.) de fato, há um ano atrás, não as retiro. Também não olhei para o arduino, pois tenho dois.