Me dá la impresión que andas muy perdido con el referente circuito. No es tan fácil como crees el cargar dos bat. en serie ya que con un circuito convencional de 24v conseguirás con toda seguridad cargar en parte solo una y la otra la echarás a perder, para esto debes crear un cargador con fuente dual simétrica.
Aquí tienes un circuito:
http://www.electronicafacil.net/circuitos/Cargador-2-baterias-serie.html