De por si el litio es un metal altamente reactivo y si se dan las condiciones puede reaccionar y producir reacciones exotérmicas de importancia  (llamese incendio).
Una batería cargada tiene energía interna almacenada para producir calor, entonces en el caso de fallo de su aislacion interna se produce un cortocircuito, basta un punto diminuto de contacto y con ello se produce una reaccion en cadena donde la bateria libera la energia almacenada y la energia propia de sus componentes al reaccionar con el medio ambiente. El fallo del aislante normalmente se produce por la formacion y crecimientos de cristales internos que la terminan "pinchando" internamente.
En el caso de baterías descargadas, se produce degradación de sus componentes internos liberando gases peligrosos como metano, propano, butano, etileno, eter metil carbonato y otros solventes orgánicos https://public.jenck.com/notijenck/uploads/3-analysis-of-gas-generated-from-lithium-ion-rechargeable-battery-cells.pdf que son explosivos, esos gases son lo que "hinchan" las baterías, al hincharse se deforman y puede producir cortocircuito eléctrico.  En el caso de ventear ya no es mas hermetica y los componentes internos quedan expuestos a la humedad y al oxigeno del aire por lo que puede reaccionar el litio con el ambiente.
Ademas de eso esos gases como te dije son explosivos (gas natural, gas envasado, solventes orgánicos) y de ventearse y acumularse pueden explotar por ejemplo al encender una lampara (poco probable salvo que haya mucha cantidad acumulada en un lugar cerrado, pero puede pasar por ejemplo en el caso de uso de cientos de celdas para almacenar energía solar en un cuarto cerrado).

Mas info:
https://es.linkedin.com/pulse/riesgos-de-las-bater%C3%ADas-litio-en-sistemas-energ%C3%ADa-con-federico-uliana

Así que las baterías de litio aun descargadas son peligrosas y te aconsejo deshacerte (de manera adecuada llevándolas a un centro de reciclaje) de las que ya no tienen la reserva de carga que justifique guardarlas para uso futuro.
Las que pueden ser usadas deben ser almacenadas en lugares que si toman fuego no produzcan daños y ese fuego no pueda expandirse o sea no la guardes en cajas de madera, dentro de un ropero, ni debajo de la cama, tampoco guardes muchas de ellas juntas pues de encenderse pueden incendiar a las compañeras, si están separadas es menor el incendio final.
Saludos