Cada cuánto tiempo quieres que se realice el cambio..??
El problema de la corriente no es problema, porque el circuito temporizador acciona un relé.
Con un 555 configurado en Astable que energice un relé con contactos NA y NC. Cada contacto energiza otro relé de mayor capacidad que tenga 2 contactos NA para poder energizar los electrodos cambiando la polaridad.