Es raro lo que te ha sucedido. Si has puesto una resistencia en serie suficientemente alta como para limitar la corriente a unos pocos miliamperes no te debería ocurrir nada pongas el diodo como lo pongas. Yo cuando tengo que medir un zener desconocido uso una fuente variable y una resistencia en serie de 10k y empiezo a subir la fuente hasta descubrir el valor del zener. Con una resistencia de 10k en serie dificilmente puedas hacer daño alguno al diodo.