Saludos.
Hace poco en otro post respondí una duda similar casualmente.
El transformador si entrega 12v en el secundario, solo que son Voltios AC RMS. Ese voltaje cuando se rectifica y se lleva a DC, se convierte de RMS a voltaje pico (En DC no hay voltaje RMS como tal, solo voltaje pico).
El voltaje pico es 1.41 veces mayor al voltaje RMS, si esos 12VAC los rectificas y filtras, serían 12*1.41 = 16.92 VDC.
Si quieres llevar ese voltaje a 12, utiliza un regulador. Puedes irte por el conocido regulador fijo 7812 que te puede brindar 1A en la salida con su respectivo disipador, o puedes irte por un regulador tipo Buck ajustable y mucho mas eficiente como el LM2596 que te puede brindar 3A sin calentar tanto. Te paso las hojas de datos de ambos, en el caso del LM2596 para labores de diseño y calculo para llevarlos a 12V
http://pdf.datasheetcatalog.com/datasheets/150/44435_DS.pdf
http://pdf.datasheetcatalog.com/datasheet/texasinstruments2/lm2596.pdf