Hola..los que tienen la letra A, son los que terminarán reemplazando a los sin A.Eso no quiere decir que ambos no funcionen bien,si no que es el mismo un poco más mejorado en cuanto a características electrónicas.  Son más económicos,tienen memoria FLASH(de ahí lo de 12Fxxx) que es más rápida,y pueden llegar a soportar frecuencias de 20mhz mientras que los otros no,trabajarían a 4mhz. Si vas a trabajar a una frecuencia de reloj de 4mhz podrás usar ambos indistintamente,pero si es más alta debes usar el 12f509.Con el archivo .hex no tienes problemas, a no ser que el programa esté configurado para correr a frecuencias mayores de 4mhz. Saludos