Las baterías 18650 son de 3,7V, por lo que nominalmente tendrías 7,4V con 2 en serie. La carga final es de 4,2V por lo que la tensión llegaría a 8,4V.
No puedes poner en paralelo fuentes de diferente tensión, porque la pobre batería sería carga de las 2 baterías y la dañaría.
Depende de la intensidad de corriente que necesites, se puede poner un regulador de tensión integrado de 6V y 1A como es el regulador positivo LM7806.
Para la carga de las baterías tienes que poner un cargador con limitador de tensión para batería 18650.
Para aumentar la capacidad tendrías que poner 3 o 4 grupos de 2 baterías en serie y conectarla en paralelo. Si fueran de 2000mah, puedes obtener 6000 u 8000 mah.
Ten presente que hay baterías 18650 chinas que se indica 8000mah y apenas son de 500 a 1000mah.
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