Miguel, un frecuencímetro cuenta la cantidad de pulsos que ocurren en un segundo, o sea mide la frecuencia, lo que queres hacer con el 555 es un generador de pulsos.
No salio bien enfocada la foto, pero si no me equivoco de la pata 3 sale una resistencia de 220ohms que va a un led rojo y también una resistencia de 100ohms que va a un cable rojo, te informo que el 555 no puede manejar mucha corriente, apenas unas decenas de miliampere, para el led puede andar, pero no para mucho mas, generalmente hay que colocarle algún transistor de potencia a la salida con una resistencia adecuada que suele estar alrededor de 1kOhm. Probablemente estés exigiéndole demasiado a ese componente y no puede mantener la corriente como debe.
La salida del 555 viene de un Flip Flop interno por lo que SI o SI produce onda cuadrada no podes obtener onda de otra forma que no sea cuadrada de su salida. Si obtenes otro tipo de onda en el pin 3 es porque hay algún problema con la alimentación del 555 o lo estas sobreexigiendo y tal vez se dañó. Sino es que hay algún problema con lo que tenes conectado a la salida de ese pin.
Sospecho algo y te pregunto: qué es lo que estas usando para medir la forma de onda a su salida? Porque si estas usando uno de los software que transforma la PC en osciloscopio usando la placa de sonido ése puede ser tu problema: la placa de sonido no soporta voltajes de corriente continua y tiene circuitos que filtran determinadas frecuencias, si la frecuencia está fuera del rango que maneja la placa se observan distorsiones en la forma de onda y una onda perfectamente cuadrada se puede ver como un diente de sierra porque la placa le esta aplicando un filtro RC.
Saludos.