Hola,estoy haciendo un testeador multicomponente como el ardutester ,mi problema es lo siguiente cuando hice el pcb me quedo un pequeño filamento haciendo corto en salida digital  ,enel display me mostraba en cirilico  mi pregunta es el corto daño al a las dos salidas o se daño el atmega 328pu gracias por su respuesta

Depende de que con que haya hecho corto, no lo sabras hasta que pruebes todas las salidas y los componentes. Normalmente se daña la salida digital del atmega, pero si el corto fue contra 5v tambien puede haber dañado la entrada al display.
 Las salidas puedes probarlas con un led y una resistencia, con un programa simple que apague y encienda los leds. 
Si tienes salidas digitales que te sobren puedes modificar el programa y usarlas en reemplazo de las dañadas y probar si el display funciona. 
Saludos

Si se daño el puerto, igualmente podrías usar el mismo micro implementando un fisplay i2c o algún oled spi