Si es uno de los que si tiene el programador integrado, lo que tenes que hacer es instalar el software de Arduino (el IDE) conectarlo al PC por el puerto USB, cargar el programa en el IDE , configurar algunos parámetros que dependen del modelo de la placa y darle la orden de grabar.

Tendrias que buscarte algun tutorial con los primeros pasos en Arduino, esos tutoriales que enseñan a hacer titilar un Led, que suelen explicar como trabajar con el IDE y como configurarlo para programar la placa.

Saludos.