El problema es que si el pwm no esta preparado para ese modo no podrás configurar el tiempo muerto entre que apagas uno y enciendes el otro para evitar el cortocircuito que mencionas. Yo te recomendaría que busques algún integrado pwm especifico para tu topología y lo controles desde el arduino de ser necesario.
Salvando eso aca te paso el link de unos driver que te pueden servir:
http://www.onsemi.com/pub_link/Collateral/NCP5104-D.PDF
http://www.microsemi.com/document-portal/doc_view/14734-advanced-igbt-driver-application-manual