Hola Esteban
Conectar una protección termomagnética con la entrada de linea de la parte superior es lo mismo que conectarla desde la parte inferior, eso en cuanto a su funcionalidad (anda igual); ahora, en cuanto a la seguridad personal (seguridad para personas no idónea en temas eléctricos y para un electricista descuidado) es una barbaridad, una falta total de responsabilidad de quien conecta dicha térmica con la linea abajo y la salida arriba.
Por costumbre, uso normalizado y sentido común las protecciones se conectan de arriba, y de ser posible de izquierda a derecha, eso evita confusiones y accidentes grabes, ya que se normalizan los procedimientos.
En electricidad, eso de "anda igual" es falta de profesionalidad.
corte de una termomagnética

un diagrama de una termomagnética

Saludos