Para tener buena patada, la chispa debe saltar a través del pelo del animal por lo que el electrificador debe generar unos 5000v a su salida, si tiene menos voltaje la chispa no salta y el animal ni se entera.
Hay algunos equipos que cargan los capacitores a unos 575-600v y luego lo disparan dentro de un transformador con relación 1:10, entonces la salida teórica en ese caso es de unos 5750 a 6000v.
Hay otros equipos que cargan menos voltaje en los capacitores... algunos cargan y disparan a unos 300v en un transformados con relación 1:20 logrando obtener así esos mismos 6000v.
El asunto en definitiva es colocar un transformador con la relación correcta al voltaje de carga del capacitor, luego otros parámetros como ser el tamaño del núcleo van relacionados con los "joules" almacenados en el capacitor y colocar un núcleo mas grande no debe afectar su desempeño. (por ejemplo la marca Picana usa exactamente el mismo trafo de salida para sus equipos de 30-40-60 y 120km)
Tu equipo carga un capacitor de 250Vac (soporta unos 350Vdc como máximo) y haciendo la cuenta con la formula de energia me da que se precisan 315v en un capacitor de 10uF para lograr los 0.5 Joule de la etiqueta, en tu caso sospecho que colocaste un transformador con la relación inadecuada lo que produce que el indicador de voltaje te marque alrededor de 3000v a la salida produciendo una chispa de poca longitud. Tendrías que aportar mas datos sobre ese transformador de reemplazo, a que equipo pertenecía, etc. pero casi seguro que ese es el problema.
Saludos