Se com o chkdsk você não resolver o problema, use um programa de partição que possa ser o "Partition Wizard" no mini Windows ou o "Partition Gparted" no Linux nas duas hirens boot, embora eu recomende o "Partition Wizard", que é mais fácil de usar.

Você clica com o botão direito do mouse onde está escrito "Disk #", é claro no disco em questão, selecione a opção "Rebuild MBR" e aceita tudo o que sai. Essa operação restaurará a tabela de partição e não prejudicará os dados. Observe que a tabela de partição é uma para todo o disco.