A la hora de realizar una clonación de equipos, usando el programa Acronis, AOMEI o EaseUs, se copia el SID también y obtenemos 2 copias idénticas. También con el mismo SID.
Hay algún inconveniente si tenemos estos 2 equipos en la misma red? Ni siquiera estarían en un dominio, simplemente estarían en la red de trabajo por defecto.
Esto afectaría en algo?

Windows te va a avisar insistentemente de la duplicación, deberás de ir a la configuración del PC y cambiar el nombre de uno de ellos. Si no lo haces además del mensaje insistente puede que tengas problemas con la compartición de archivos en red.
Saludos