1) En cuanto a lo del acceso (programa en uso), si tienes archivos en él puede que alguna app los esté usando, cierra la app si no es del sistema e intentar desconectar nuevamente, también verifica que el sistema no haya creado un archivo de paginación en él, hay muchos tutos en la red sobre como configurar y desactivar el archivo de paginación, no te preocupes con las advertencias sobre desactivarlo ya que con el que hay en la partición C: basta ;)
2) el propio Windows lo hace, si quieres quitarlo de la pc o simplemente formatearlo entra al gestor de discos y desasigna la letra de la/s particion(es), aunque también hay apps de gestión de discos en la red que permiten hacerlo...
3) Comúnmente con un antivirus basta, este mantiene supervisado todo el sistema en busca de apps y archivos sospechosos...
No sé si con eso logré ayudarte pero espero logres solucionarlo. Saludos =D
