lo que pasa es que al reintalar el windows este busca de instalarse en la segunda particion en ves de darte amablemente a opcion de elegir la particion, para evitar eso yo uso algun cd de utilidades como el HIREN`S BOOT, el cual tiene sistema de arranque y un monton de utilidades, una de ellas es particion magics para eliminar la particion del disco C para que cuando vayas a reinstalar el Windows este te de la opcion de elegir la particion tambien lo hago teniendo dos windows diferentes, el que yo uso es windows xp profesional sp2 2002 segunda edicion, y para eliminar una particion uso el windows home edition sin sp, esa conbinacion es buena porque al querer reinstalar sin ese problema de que el windows busca automaticamente la segunda particion primero uso el windows home porque me da opcion de elegir/eliminar particion asi la elimino, y luego cambio al cd del windows xp profesional y desde ese busco de instalar de nuevo en el disco c, dejando el disco D intocado ahora si lo haces con el particion magics aveces (casi siempre) te va a cambiar la letra de la unidad la D por C y la que era C que eliminaste ahora será unidad E, asi el windows se instala en la unidad E y el disco D queda como c, pero aun asi no hay problemas ni con el windows ni con los programas, si no tienes muchos documentos, te recomiendo que los respaldes en DVD, y elimines totalmente ambas particiones, y las crees de nuevo con el CD de windows xp profesional sp2 (o sp3) el disco C unos 18GB y el disco D todo lo demas, e instalas en el disco C luego de instalar el windows formateas el disco D y vuelves a copiar tus doc del DVD respaldo al disco D, primero mueve la carpeta mis documentos a ese segundo disco