Podrías tener corrupción en el disco duro, o en el sistema operativo.
Lo del disco duro, propongo descartarlo, pues si tienes acceso al sistema de archivos y funciona, es poco probable.
Puedes comprobar de forma fácil este siguiendo estos pasos:
[list]
[*]Presiona la tecla que tiene "la banderita de Windows" y sin soltar la "R"
[*]Se abrirá el cuadro "Ejecutar"
[*]Escribe cmd
[*]Clic en "Aceptar"
[*]Te aparecera una ventana de fondo negro
[*]Escribe chkdsk c: /F /R /I
Se verá así...

[*]Te pedira, seguramente, confirmación. Contesta "s"
[/list]
Con esto, habrás programado una revisión de disco para el reinicio del pc, antes que Windows cargue programas.
Si el resultado es negativo, y no percibes cambios en la respuesta del equipo luego de esto. Entonces si, es seguro tengas corrupción de software, muy posiblemente por software maligno.
Deberías recurrir a un técnico con conocimientos, o si sabes hacerlo, puedes tomar el "camino corto" formateando y volviendo a instalar.
Espero te sirva.