Booteá con un disco de Windows 98SE.
http://1gighost.net/keywest/boot98sc.exe
Crealo con ese archivo y después de bootear con él ejecutás desde el prompt:
[code:1:1d36d5a82d]A:\ scandisk[/code:1:1d36d5a82d]
Realizás ya que estás un scandisk completo y dejás que termine.
Posteriormente si fuiste precavido al crearte una carpeta en el disco duro con el contenido de la carpeta win98 del cd usás ese mismo diskette para bootear y re-instalás Windows 98 desde el disco rígido.
[code:1:1d36d5a82d]A:\ C:
C:\ cd win98
C:\ instalar[/code:1:1d36d5a82d]
[/code]