No has probado usando remove wga:
http://removewga.softonic.com/ usa también el ccleaner:
http://ccleaner.softonic.com/ lo pasas primero a este para limpiar registro y archivos temporales y luego pasas el ccleaner, después usas el remove wga y reinicias sistema, el mensaje debería de haber desaparecido. Claro que eso lo harás cuando recuperes el sistema.
Para tu problema tenes 2 opciones que no son formatear, eso solo se hace cuando ya no hay más caso. Los dos metodos requieren usar el cd de instalación de windows y son:
1- Reparar usando chkdsk medidante consola, no es nada dificil, tenes que cargar el cd de windows como si fueras a instalar y cuando te pregunte si quiere instalar Enter o reparar R, presionas R luego indicas la partición a reparar, asumo debe de ser C, luego se abre consola vos tenes que escribir chkdsk y esperar a que windows repare, cuando haya terminado salis escribiendo exit. Te queda verificar si se reparo.
2- Reinstalas sin formatear, cuando te pregunte que quieres hacer eliges instalar (enter) luego R de reparar, los demás pasos son iguales a los de una instalación solo que no te va a salir la parte de formatear. Cuando termine la instalación debieras de haber recuperado el sistema.