¿Qué Linux instalaste?¿Y la diskettera no te funciona bajo Linux tampoco?.
Usá
Killdisk.
http://download2.lsoft.net/killdiskfloppysetup.exe
Booteá con ese diskette creado (siempre y cuando lo puedas hacer funcionar) y te va a limpiar el disco totalmente.
De lo contrario bajate la imagen ISO booteable para usar desde un cd.
http://download2.lsoft.net/boot-cd-iso.zip
Con ese programita no queda nada.
Y cuando termina ejecutás nuevamente fdisk, eliminás/creás particiones, formateás y empezás de cero.