Si estas viendo tu disco local C o alguna partición, es normal ver esas carpetas ya que has activado la opción de ver todos los archivos ocultos incluídos los del sistema. El $Recycler es el lugar donde se van los archivos cuando los borras en la papelera de reciclaje. El SystemVolume Information lo usa Windows para medir cuanto espacio tiene (la barra azul y roja que sale en "equipo". El desktop.ini lo vas a ver en todos lados, incluso en tu escritorio encontrarás 2 desktop.ini. Aunque los borres volverán a salir ya que son del sistema al igual que los thumbs. Sin embargo, si estas carpetas te salen en una memoria USB, ahí si sería virus.