Algo que me extraña, es que mencionas Actualizaciones de Windows.
Seguramente te refieras al ISA Server 2006, ya que el 2003 ya no recibe actualizaciones.
1. Es probable que no hayas exceptuado del análisis del Antivirus las carpetas y procesos indicados por Microsoft.
Te dejo un enlace al respecto:
https://technet.microsoft.com/en-us/library/cc707727.aspx
2. Por favor, indicanos si hay errores de W32Time en los sucesos del Sistema. Asimismo, cual es la fuente de tiempo externa referenciada por el servidor. La podés consultar mediante:
NET TIME /QUERYSNTP
3. Revisá también el estado del Servidor SQL, fundamentalmente el tamaño relativo entre el MDF y el LDF.
4. Indicá si cambiaron la contraseña del Servidor, y si el mismo se encuentra bajo Dominio.
5. Como no indicás el tipo de equipo que posee la IP 192.168.5.89, sugiero que le corras AdwCleaner y MBAM. Si no fuera un equipo, por favor indica de que se trata. A veces puede ser una impresora multifunción con protocolos mal configurados.
Saludos!