Entre el 1% y el 2% más lento si el cable es directo.
Si el cable no es cruzado, ambas placas deben "sensar" las conexiones para establecer cual de las dos placas es la que "descruza" la información.
Esto implica que el microprocesador de la placa desvíe un poco de su velocidad al mantenimiento de la conexión, en lugar de usarse para la trasmisión de datos.
Incluso existe una muy baja probabilidad (muy baja) de que la conexión falle al estancarse la detección.
Siempre es preferible el cable cruzado al cable directo.
Y en las placas gigabit, cuidarse de no usar el obsoleto 568A/568B, ya que dicho cruzamiento sólo permite trabajar a 100 Mbps.
Para trabajar a 1000 Mbps se debe usar Gigabit Cruzado:

Saludos!