Al hacer el escaneo dice que tiene el disco lleno que no puede continuar ,el servidor tiene win serv 2003. Como hacerlo de forma directa de la terminal que tiene el scaner y en el servidor se encuantra la carpeta de destino, me habian comentado que montara la carpeta del servidor como unidad virtual pero no se como hacerlo.

Buscas el servidor por red (mis sitios de red), cuando lo veas, si entrás, vas a ver los diferentes recursos compartidos, si le das click derecho, conectar unidad de red, te lo deja como unidad en mi pc, ahí podés pasarle ya tu antivirus. Esto depende también que con el usaurio que lo hagas tenga permisos, sinó no vas a ver los archivos.

Gracias MAURI19877 me diste la idea de como solucionar el problema