Hola, ya me ha ocurrido algo similar, ese problema puede ser a causa de los archivos PST (en caso de que tengas el correo configurado como POP). Puede que te estén llegado correos a PST diferente, en estos casos te recomiendo empezar desde 0, es decir, respalda los PST que tengas en uso, reinstala el outlook y configura nuevamente las cuenta en un PST nuevo, y el que tienes o tienes de respaldo solo para efectos de consulta. De esa manera tendrías que estar visualizando correctamente tus correos.
Saludos.