yo tube el mismo problema pero era solo con una usb por que las otras funcionaban
asi que decidi usar gparted e hice esto:
a cada procedimiento le dan aplicar antes del seguir primero eliminan la particion y le dan nueva y la formatean en fat 32

elimina particion le dan aplicar

formatean fat 32 le dan aplicar

de ahi a dispositivo y a crear particion

seleccionan msdos y dejan que realice cambios
despues seleceionan la memoria y le dan en administrar y seleccionan boot e iba y le dan cerrar

ya solo cierran el programa y lo cargan con el multiboot y si les pide que no reconoce o formatear lo hacen pero ya ahi me la reconocio el boot del pc espero que les sirva a mi me funciono