En efecto tienes razón, en el manual solo se indica la ubicación de los USB internos pero no se especifica los nombres de los pines de cada conector. A la misma foto del manual le puse los nombres correctos a cada pin para que entiendas el orden y hagas coincidir los cables USB del gabinete con los pines de cada conector USB de la placa madre. La cosa es así:

Saludos.