hola: lo mas correcto es que sea en la parte de arriba con el ventilador hacia abajo; para que el aire que sale de la fuente lo envie hacia los componentes de la pc. tambien debes de verificar que el cableado de la fuente este bien distribuido y que no este muy cerca de los componentes porque se pueden llegar a sobrecalentar. ahora como dices que estas diseñando de manera artesanal tu gabinete pues debes de tener en cuenta que puedes ubicarlo como tu quieras; pero debes de ser consiente de que debe haber equilibrio en el diseño todo esto con el fin de que no te vayan a dejar muy lejos algunos conectores o vayas a amontonar todos los conecciones juntas y despues vayas a tener problemas. suerte y hasta pronto.