Acabo de adaptarle otro disco duro ala pc solo para almacenar y pues cuando prendo la pc ella trata de arrancar por el y no por que que tiene el sistema operativo como ago para dejar el arranque en el disco duro con el sistema mi pc es una Optiplex 960 lga 775

Tienes que entrar el Bios y poner como primer arranque el disco duro con el  sistema operativo que tienes , 2º el reproductor  o viceversa por si quieres formatear y cargar un sistema nuevo. El segundo disco solo lo verás en Equipo con su letra D casi seguro.