Hola. Seguramente haz colocado mal el orden de los cables.
Guiate según esta foto
http://www.hardwaresecrets.com/imageview.php?image=219
todos los usb se conectan de la misma manera. asique es ese mismo orden de cables, el que deberás seguir para que te funcionen nuevamente los puertos usb frontales.
Ten cuidado! Colocar los cables/pines de otra manera que no sea la correcta, puede resultar en la inutilización de los puertos usb permanentemente!!
saludos