jeje, no te preocupes por hacer las preguntas que necesites que yoreparo se trata de ayudar en lo que mas se pueda, en cuanto a lo de los pines no estaria 100% seguro al decirte que si le sirva pero en mi pc tengo un cooler de 2 pines y la board trae uno de 3 y funciona normal, mira esta pregunta es la misma que tu haces y ahi dicen que trabaja normal por lo que veo no habria problema.
http://www.chw.net/foro/refrigeracion-f49/615421-problema-con-los-pines-de-un-cooler.html