Si estan activados en la BIOS y el Win no te detecta nada, me parece que es problema de las conexiones según mi criterio. El esquema de los pines en la placa madre es el correcto al igual que el conector que va en la placa. Yo revisaría si la placa que tiene los USB están bien conectados los cables deacuerdo a los colores de cada pin.
Estos esquemas te pueden servir...
http://andertorrado.wikispaces.com/file/view/patillaje_conector_USB.JPG
http://lordikc.free.fr/images/pinout_usb_eee.jpg
http://www.riccibitti.com/pc_therm/USB_A_pinout.jpg
De paso si están bien conectados con un tester comproba si no hay un cable cortado (uno de los problemas mas comunes)
Si esta todo bien con un tester medi el cable negro y el rojo a ver si mandan voltaje, deben ser 5V.
Por lo general si enchufas un Pendrive y este se calienta estan mal conectados los cables (me ha pasado).
Intenta un clear CMOS para resetear la BIOS y activa de nuevo los USB.
Como dije antes no creo que sea el Windows porque si no te lo detectaria, incluso si no reconoce el dispositivo te lo detectaria como "disp. desconocido". Yo use los USB de mi PCCHIPS en Windows 98SE / 2000 SP4 / XP.
Este link te muestra todos los pines del conector ATX Form Card por si queres chekear bien.
http://moldova.cc/theflash/01.html
Te deseo mucha suerte con el asunto, si no te contesto en varios días es porque me quede sin internet, jejeje! :D
Saludos. :)