Yo creo que lo mejor es formatearlo a bajo nivel. Es mi opinión, nada más que eso.
Y podés usar herramientas propias del fabricante o alguna genérica como
LF.
http://www.qdigrp.com/qdisite/driver/LF.EXE
Se lo cargás a un diskette de inicio y luego de haber booteado lo corrés desde el prompt:
[code:1]A:\ LF[/code:1]
Termina, reiniciás, re-booteás con ese mismo diskette y corrés fdisk creándote la partición que quieras para luego formatearla.
También está la opción de HDD Regenerator, pero es shareware y la verdad es que nunca tuve la posibilidad de testearlo a full para ver como se comporta.
Saludos.