Por el amperaje ningún problema. Que cooler cambias? El del micro? Si sólo cambias el fan (ventilador) asegurate que enfríe suficiente, diferentes modelos pueden ser de un caudal de aire muy distinto. Si cambias el disipador completo no hay ningún problema. Después de hacerlo instala algún programa para ver la temperatura. Speedfan, hwmonitor, coretemp...