hola, primero que nada tienes que hacer booteable tu pendrive, aca te dejo un link de como hacerlo.
http://www.taringa.net/post/hazlo-tu-mismo/15554079/Como-crear-usb-booteable-desde-el-cmd-paso-a-paso.html
segundo, debes configurar en la bios, la unidad usb como primer dispositivo de arranque para que la pc lo bootee, si haces bien estos dos pasos, la instalacion sale sola, luego sigues las instrucciones que te dara el cd del windows que vayas a instalar y listo, saludos