Estoy comenzando a pensar que la placa madre nueva debe tener algún defecto respecto al audio, por un lado no parece muy razonable que ande todo menos eso, por otro no veo posibilidad alguna tras sacar los cables, de que estén mal enchufados
(lo de las luces de led sí los colocó mal el técnico, los puse como van y ahora tengo led rojo y verde al menos).
La razón es que el manojo que sale junto del front panel, se divide y tiene cada uno un conector plástico que es a prueba de neofitos, porque tienen un punto ciego, o sea que tienen una hilera de 5 pines y otra de 4. Además cada uno está rotulado "AUDIO" y USB y tras ver el manual y ver la placa ambos están conectados en los lugares que corresponde a cada uno. No están cruzados.

Otra prueba que hice fue la de dejar en el mother desconectado el cable que dice audio. Para ver si así funcionaba el panel trasero del audio. Para mi sorpresa, ese panel nunca se activó jamás, en el software de la placa realteck siempre apareció "grisado" es decir no se lo puede tocar con el mouse para activarlo o editar settings.

Del mismo modo, enchufando el headset atrás no se oye ni registra el microfono.
No debería andar cuando desconecto los cables del audio que viene del front panel?
Que razón hay para que no anden?
Finalmente, en el mother hay 4 pines cerca de la parte de usb que son "chasis speaker", que se supone que va ahí ( no se porque me da la impresión de que ese tiene que ver con el hecho de que no escucho sonoramente el "beep" cuando inicia la pc)
Saludos!