Primero debes abrir el gabinete, fijate el HDD (Disco) en donde tienes instalado windows, mira que tiene dos cintas de cables, el de la corriente (que viene del cable fuente) y otra mas ancha que es la de datos (va a la placa madre) entre medio tienes una serie de patitas (
http://2.bp.blogspot.com/_pOmdamMYexw/R1BmKt_10lI/AAAAAAAAACM/KBFvc8Y33p8/s1600-R/22.JPG ) así debe quedar, bueno, hasta ahi lo que hiciste es ponerlo como maestro así la computadora arranca siempre desde ese disco y no desde otro ( en este caso evita arrancar con la lectora ).
Si esto no funciona deberias entrar a la bios (generalmente con F10 u F8 al encender la computadora) entras a "Standard CMOS setup" y donde dice "Firs boot device" tenes que ver que esta asignado, en caso que diga CDROM o DVDROM debes cambiarlo y poner "HDD-0" Espero te sirva de ayuda, suerte con eso!